通过快速测序获得新发、突发传染病病原体的高质量基因组序列对病原体致病机制研究、疾病溯源、疾病控制至关重要。FASTASeq 300支持自定义多个数据输出的节点且最快可在19.5小时内完成病原体基因组PE150测序，以更好地满足用户对检测时效性和研究信息全面性的双重需求。

为了评估FASTASeq 300在微生物de novo组装应用上的表现，本次测评选择了临床常见致病菌——嗜肺性军团菌¹作为测试样本构建文库，文库分别在FASTASeq 300、GenoLab M和NV测序平台进行PE150测序，均取100×数据进行分析。测评结果显示，FASTASeq 300测序数据质量高、序列组装结果与参考基因组具有较高一致性，其进化分析与参考基因组能准确聚类于同一分支。

测序数据高

FASTASeq 300测序数据Raw data Q20大于97%，Q30大于92%，Clean reads/Raw reads比值平均大于0.99，测序质量表现优异。

图1. FASTASeq 300、NV和GenoLab M平台测序质量表现

组装质量好

与参考基因组序列进行比对分析，结果表明FASTASeq 300测序数据在组装质量方面与对比平台表现一致，Largest Contig接近基因组全长的1/3。

表1. 组装结果评价指标

组装完整性高

BUSCO²和Circos³图展示了FASTASeq 300测序数据组装结果的高完整性和准确性。

图2.  BUSCO 组装结果和Circos 基因组完整性分析结果图

进化分析

基于FASTASeq 300测序数据组装的基因组序列及其22同种不同株的基因组序列构建系统进化树，结果显示FASTASeq 300测序数据组装的基因组序列结果与参考基因组能准确地聚类到进化树同一分支。

FASTASeq 300在微生物基因组de novo组装应用方向上性能优异，其快速、灵活、准确的特性可很好地满足病原体全基因组测序的要求。未来FASTASeq 300将助力更多微生物组学领域的科学研究和临床应用。

更多精彩测评，敬请期待！

1. 嗜肺性军团菌（Legionella pneumophila）：全基因组大小约3.4 Mb，GC含量38.3%，是一种广泛存在于自然界中的机会致病菌，能引起以发热和呼吸道症状为主的疾病。

2. BUSCO组装评价：使用相近物种之间的一些保守序列构建单拷贝基因集数据库，与组装结果进行比对，从组装结果比对上的比例、完整性，来评价组装结果的准确性和完整性。

3. Circos组装评价：采用Circos软件对测序结果进行分析，通过组装图谱的形式直观地表现出组装数据对参考基因组覆盖程度。